Leo, Raph, Mikey et Donnie sont des tortues mutantes, entraînées dans l'art du ninjutsu par leur rat sensei, Maître Splinter. Sortis de leur repaire dans les égoûts, les frères combattent les méchants de New York et engloutissent les meilleures pizzas qui soient. Au fil de leurs bagarres avec Shredder, les Krangs et autres mutants super puissants, les Tortues apprennent à compter les uns sur les autres et à devenir les héros qu'ils sont faits pour être.